《史記·儒林列傳》記載：「及至秦之季世，焚詩書、坑術士」。
在焚书之后的第二年，即公元前212年，兩名为始皇煉製长生不老之药的術士侯生、盧生煉藥未果，據說後來更散佈許多對始皇不利、甚至誹謗的言論。始皇大怒，下令逮捕嚴辦[3]。涉案者在審理時則向外指控誹謗始皇言論的來源，前后指控出四百六十餘人；秦始皇在盛怒中下令，將涉案者四百六十餘名坑杀在咸阳。
《史记·秦始皇本纪》记载，扶蘇向始皇進諫「诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安」；秦始皇怒，让扶蘇去北方上郡（蒙恬駐軍所在）擔任監軍。[4]
“坑儒”一词出处是西汉孔安国（孔子十二世孙）《〈尚书〉序》（這篇序有人懷疑是魏晉時期儒生鄭沖伪造。）：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士逃难解散。”在此之前《史记·儒林列传》的说法是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉”。
「坑儒」史实争议
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有部分學者[谁？]依《儒林列傳》記載「及至秦之季世，焚詩書、坑術士」，认为遭坑杀者的確不是儒生、而是當時涉案的術士。有評論認為當時之術士與儒生相等，也有指當时儒生多兼任術士的說法。支持“坑儒”提法的学者认为由《史记·秦始皇本纪》中记载的始皇长子扶苏的话“诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之”可知，秦始皇所坑掉的“诸生”中，固然有一部分术士，但大多数是“诵法孔子”的儒生。[5]而反对“坑儒”提法的学者认为这是扶苏求情之话，无法用来证明秦始皇坑杀的是儒生，他们认为“焚书坑儒”并未废除儒学，儒家学说在焚书之后仍然存在。
德国汉学者聂凝（Ulrich Neininger）认为在焚书次年，秦始皇未曾集中杀害一批士人，所谓坑儒纯系传说，并非史实。[6]美国汉学家卜德（Derk Bodde）撰写的《剑桥中国秦汉史》第一章〈秦国和秦帝国〉也认为坑儒一事为虚构，有可能是司马迁死后，后人篡改《史记》增添的情节。[7]就实大学历史学者李开元认为坑儒是三重伪造的历史，东汉儒家经师将虚构的坑儒与真实的焚书巧妙结合，形成焚书坑儒之说。[8]但南开大学历史学者代国玺则反驳李说，认为《史记》有关坑儒一事的记载是可靠的，而东汉儒生对坑儒一事的解读虽然严重偏离了历史事实的认识，但并非故意伪造的谎言。[9]